1ª Fase: os 63 clubes, divididos em 15 grupos de 4 clubes e 1 de 3 clubes, jogam entre si em turno e returno, dentro de cada grupo, classificando-se 32 clubes para a fase seguinte.

2ª Fase: os 32 clubes classificados na 1ª fase, divididos em 8 grupos de 4 clubes, jogam em turno e returno, dentro de cada grupo, classificando-se 16 clubes para a fase seguinte.

3ª Fase: os 16 clubes classificados na 2ª fase, divididos em 4 grupos de 4 clubes, jogam em turno e returno, dentro de cada grupo, classificando-se 8 clubes para a fase seguinte.

Fase final: os oito clubes classificados na 3ª fase jogam entre si em turno e returno, decidindo o título; os quatro primeiros classificados ascenderão à Série B em 2007.