O Campeonato Baiano de 2009 será disputado em turno único. As 12 equipes se enfrentarão no sistema de ida e volta, classificando-se para a fase semifinal as quatro primeiras colocadas. O último colocado será rebaixado. Os critérios de desempate são os seguintes:

1 - Maior número de vitórias
2 - Maior saldo de gols
3 - Maior número de gols marcados
4 - Maior número de pontos ganhos no confronto direto
5 - Maior saldo de gols no confronto direto
6 - Sorteio

Na fase semifinal, o melhor colocado da primeira fase enfrentará o quarto e o segundo terá pela frente o terceiro. Os confrontos serão de ida e volta, e a equipe com melhor campanha decidirá em casa com a vantagem de jogar por empate no placar combinado.

A final será disputada pelos dois clubes vencedores do confronto semifinal. O time com melhor campanha, incluído o desempenho na fase anterior, jogará a segunda partida em casa com a possibilidade de ser campeão em caso de igualdade no placar combinado.