O segundo turno também será disputado pelas 10 equipes, que jogarão entre si, somente os jogos de volta, invertendo-se o mando de campo dos jogos do primeiro turno, classificando-se apenas o primeiro colocado.
Além dos campeões do primeiro e segundo turno, garantirão vaga no quadrangular semifinal as duas equipes com melhor desempenho na soma dos dois turnos. Os quatro classificados jogarão entre si, em partidas de ida e volta, com os dois melhores garantindo-se na decisão.
Para as três primeiras fases, serão obedecidos os seguintes critérios de desempate:
1 - maior número de vitórias
2 - maior saldo de gols
3 - maior número de gols pró
4 - confronto direto, somente no caso de empate entre duas associações
5 - menor número de cartões vermelhos recebidos
6 - menor numero de cartões amarelos recebidos
7 - sorteio
Na fase final, as duas equipes se enfrentarão em jogos de ida e volta, com a equipe de melhor campanha somadas as três fases decidindo em casa. Em caso de empate no número de pontos após as partidas, a decisão irá para uma prorrogação de 30 minutos. Se a igualdade persistir, a equipe com melhor campanha será a campeã.
As duas equipes com pior campanha na competição, na soma dos dois turnos, será rebaixada para a Série B de 2010.