As 13 equipes foram divididas em três grupos. Na primeira fase, os clubes se enfrentam em turno e returno em suas respectivas chaves. Os dois primeiros do Grupo 1 e Grupo 2, e os três melhores do Grupo 3 se classificam para as quartas-de-final. Também passa à fase seguinte o time de melhor índice levando-se em conta apenas os Grupo 1 e 2.

O Campeonato Baiano 2005 prevê jogos de ida e volta, a partir das quartas-de-final.

O clube de pior campanha no somatório dos três grupos disputará, em jogos de ida e volta com a equipe de pior campanha do Campeonato Baiano de Futebol do Interior, quem será rebaixado para a Segunda Divisão em 2006.