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As equipes foram divididas em dois grupos: Bahia, Camaçari, Catuense, Colo-Colo, Fluminense e Poções (1) e Vitória, Atlético Alagoinhas, Camaçariense, Ipitanga, Itabuna e Juazeiro (2).

No primeiro turno, serão realizados jogos de ida e volta entre os representantes dos dois grupos (um contra o outro), sendo que os quatro primeiros de cada chave serão classificados para a disputa do título.

No segundo turno, as equipes se enfrentam em seus grupos, também em jogos de ida e volta. O campeão do segundo turno disputa com o vencedor do primeiro o título estadual.

Segundo a Federação Baiana de Futebol, o campeão e o vice garantem vagas na Copa do Brasil de 2007. Uma equipe será rebaixada e sai do jogo entre o último colocado do Grupo 1 e do Grupo 2.