Entenda o regulamento do campeonato:
A primeira fase do Campeonato Mato-Grossense 2006 contará com doze clubes, divididos em dois grupos de seis equipes cada.
Os times jogam entre si em turno e returno e, ao final desta fase, a melhor equipe de cada grupo decide o título da primeira fase. O último colocado de cada grupo é rebaixado.
Na segunda fase, as cinco primeiras equipes de cada grupo formam outros dois grupos de cinco times cada. O Grupo C contará com os times do Grupo A, enquanto o Grupo D será formado pelos clubes do B.
As equipes jogam entre si, em truno e returno, um grupo contra o outro. O primeiro colocado de cada chave ao final da fase decidem o campeão da segunda fase.
Depois, os campeões de cada fase (primeira e segunda) jogam em ida e volta para definir o campeão do Campeonato Mato-Grossense de 2006.
Caso o campeão das duas fases seja o mesmo time, este será declarado campeão por antecipação.