Pouco depois de sair do Vasco, Autuori retornou ao São Paulo, que vivia uma séria crise. A presença do treinador, entretanto, pouco ajudou. Ele ficou no clube por apenas 13 jogos, em que colecionou duas vitórias, quatro empates e sete derrotas, e ainda conquistou a Taça Eusébio. Muricy Ramalho foi ao São Paulo para seu lugar e salvou o time tricolor do rebaixamento