Com uma superfície de 378.000 km², o Japão corresponde a 25ª parte do território dos Estados Unidos (um pouco menos do que a Califórnia), a 20ª parte da Austrália, mas tem o dobro do tamanho do Reino Unido. O país está constituído por uma longa série de ilhas, que se estendem por 3.000 km de norte a sul e formam um formato parecido com o de um cavalo-marinho. Suas quatro ilhas principais são Hokkaido, Honshu, Shikoku e Kyushu.

Além de estar rodeado pelo mar, cujas correntes quentes e frias criam um ambiente que acolhe uma grande variedade de espécies marinhas, sua geografia montanhosa faz com que os contrastes entre as diferentes regiões sejam consideráveis. Os extremos norte e sul do Japão têm climas muito diferentes: em março pode-se tomar sol no Sul e esquiar no Norte.

A maior parte do país está localizada na zona temperada setentrional da terra e tem um clima úmido próprio de monção. No verão, sopram os ventos de sudeste, vindos do Oceano Pacífico, e o de noroeste, provenientes da Ásia, durante o inverno.

O Japão tem quatro estações bem definidas: primavera (com as famosas cerejas e flores), verão, outono (com seus bonitos tons cálidos) e inverno. Os japoneses desfrutam das mudanças de estação e seguem a evolução por meio das previsões de tempo, nas quais aparecem mapas que indicam os melhores lugares e momentos para poder contemplar as flores da primavera e as folhas outonais.