Pelo último ano sem a participação dos clubes classificados para a Copa Libertadores, a Copa do Brasil de 2012 contará com 13 dos 20 times da próxima edição da Série A. As exceções são Santos, Corinthians, Vasco, Fluminense, Flamengo e Inter (que disputarão o torneio continental no primeiro semestre), além do Figueirense, que não obteve índice técnico pelo campeonato estadual (foi o terceiro colocado no Catarinense de 2011) e nem pelo ranking da CBF.

Todas as equipes da primeira divisão serão cabeça de chave na primeira fase do torneio, ou seja, decidem em casa os seus confrontos e podem eliminar as partidas de volta caso vençam o jogo de ida por dois ou mais gols de diferença. Logo na segunda fase, porém, Atlético-GO e Ponte Preta já podem medir forças e realizar o primeiro encontro da elite nacional na competição.

Considerando os clubes da Série A como os mais fortes do Brasil, Palmeiras, Cruzeiro, Atlético-MG e Botafogo têm as chaves "mais fáceis" do campeonato, pois não cruzam nenhum time de primeira divisão até as quartas de final. Em fases anteriores, no entanto, esses clubes podem enfrentar, respectivamente, adversários tradicionais como Ceará, Atlético-PR, Goiás e Guarani, que recentemente jogaram na elite do Brasileiro.

A CBF elaborou a tabela com a preocupação de adiar ao máximo possíveis clássicos regionais, como São Paulo x Palmeiras, Atlético-MG x Cruzeiro, Atlético-PR x Coritiba ou Sport x Náutico (todos podem apenas ocorrer em uma final). Uma exceção é Atlético-MG x América-MG, que pode acontecer já nas oitavas.

Confira os possíveis confrontos de clubes da Série A contra times das Séries A, B e C até a final da Copa do Brasil:

Atlético-GO
Segunda fase: Atlético-GO x Ponte Preta(Série A)
Oitavas de final: Atlético-GO x São Paulo (Série A)
Quartas de final: Atlético-GO x Atlético-MG (Série A), América-MG/ Goiás (Série B), Santa Cruz (Série C)
Semifinal: Atlético-GO x Botafogo/ Coritiba/ Sport (Série A), ABC/ ASA/ Guarani/ Vitória (Série B), Brasiliense/ Paysandu (Série C)

Atlético-MG
Segunda fase: Atlético-MG x Santa Cruz (Série C)
Oitavas de final de final: Atlético-MG x América-MG/ Goiás(Série B)
Quartas de final: Atlético-MG x Atlético-GO/ Ponte Preta/ São Paulo (Série A)
Semifinal: Atlético-MG x Botafogo/ Coritiba/ Sport (Série A), ABC/ ASA/ Guarani/ Vitória (Série B), Brasiliense/ Paysandu (Série C)

Bahia
Oitavas de final: Bahia x Portuguesa (Série A) ou Cuiabá (Série C)
Quartas de final: Bahia x Grêmio/ Náutico (Série A), Ipatinga (Série B) ou Fortaleza (Série C)
Semifinal: Bahia x Cruzeiro/ Palmeiras (Série A), América-RN/ Atlético-PR/ Ceará/ Criciúma/ Paraná (Série B), Chapecoense/ Luverdense/ Madureira/ Rio Branco-AC (Série C)

Botafogo
Segunda fase: Botafogo x Guarani (Série B) ou Brasiliense (Série C)
Oitavas de final: Botafogo x ABC/ Vitória (Série B)
Quartas de final: Botafogo x Coritiba/ Sport (Série A), ASA (Série B), Paysandu (Série C)
Semifinal: Botafogo x Atlético-GO/ Atlético-MG/ Ponte Preta/ São Paulo (Série A), América-MG/ Goiás (Série B) ou Santa Cruz (Série C)

Coritiba
Segunda fase: Coritiba x ASA (Série B)
Oitavas de final: Coritiba x Sport (Série A) ou Paysandu (Série C)
Quartas de final: Coritiba x Botafogo (Série A), ABC/ Guarani/ Vitória (Série B), Brasiliense (Série C)
Semifinal: Coritiba x Atlético-GO/ Atlético-MG/ Ponte Preta/ São Paulo (Série A), América-MG/ Goiás (Série B) ou Santa Cruz (Série C)

Cruzeiro
Primeira fase: Cruzeiro x Rio Branco-AC (Série C)
Segunda fase: Cruzeiro x Chapecoense (Série C)
Oitavas de final: Cruzeiro x Atlético-PR/ Criciúma (Série B) ou Madureira (Série C)
Quartas de final: Cruzeiro x Ceará/ Palmeiras (Série A), América-RN/ Paraná (Série B) ou Luverdense (Série C) Semifinal: Bahia/ Grêmio/ Náutico/ Portuguesa (Série A), Ipatinga (Série B) ou Cuiabá/ Fortaleza (Série C)

Grêmio
Segunda fase: Grêmio x Ipatinga (Série B)
Oitavas de final: Grêmio xNáutico (Série B) ou Fortaleza (Série C)
Quartas de final: Grêmio xBahia/ Portuguesa (Série A) ou Cuiabá (Série C)
Semifinal: Grêmio x Cruzeiro/ Palmeiras (Série A), América-RN/ Atlético-PR/ Ceará/ Criciúma/ Paraná (Série B), Chapecoense/ Luverdense/ Madureira/ Rio Branco-AC (Série C)

Náutico
Segunda fase: Náutico x Fortaleza (Série C)
Oitavas de final: Náutico x Grêmio (Série A) ou Ipatinga (Série B)
Quartas de final: Náutico x Bahia/ Portuguesa (Série A) ou Cuiabá (Série C)
Semifinal: Náutico x Cruzeiro/ Palmeiras (Série A), América-RN/ Atlético-PR/ Ceará/ Criciúma/ Paraná (Série B), Chapecoense/ Luverdense/ Madureira/ Rio Branco-AC (Série C)

Palmeiras
Segunda fase: Palmeiras x América-RN (Série B)
Oitavas de final: Palmeiras xCeará/ Paraná (Série B) ou Luverdense (Série C)
Quartas de final: Palmeiras x Cruzeiro (Série A), Atlético-PR/ Criciúma (Série B) ou Chapecoense/ Madureira/ Rio Branco-AC (Série C)
Semifinal: Palmeiras x Bahia/ Grêmio/ Náutico/ Portuguesa (Série A), Ipatinga (Série B) ou Cuiabá/ Fortaleza (Série C)

Ponte Preta
Segunda fase: Ponte Preta x Atlético-GO (Série A)
Oitavas de final: Ponte Preta x São Paulo (Série A)
Quartas de final: Ponte Preta x Atlético-MG (Série A), América-MG/ Goiás (Série B), Santa Cruz (Série C)
Semifinal: Ponte Preta x Botafogo/ Coritiba/ Sport (Série A), ABC/ ASA/ Guarani/ Vitória (Série B), Brasiliense/ Paysandu (Série C)

Portuguesa
Primeira fase: Portuguesa x Cuiabá (Série C)
Oitavas de final: Portuguesa x Bahia (Série A)
Quartas de final: Portuguesa x Grêmio/ Náutico (Série A), Ipatinga (Série B) ou Fortaleza (Série C)
Semifinal: Portuguesa x Cruzeiro/ Palmeiras (Série A), América-RN/ Atlético-PR/ Ceará/ Criciúma/ Paraná (Série B), Chapecoense/ Luverdense/ Madureira/ Rio Branco-AC (Série C)

São Paulo
Oitavas de final: São Paulo xAtlético-GO/ Ponte Preta (Série A)
Quartas de final: São Paulo x Atlético-MG (Série A), América-MG/ Goiás (Série B), Santa Cruz (Série C)
Semifinal: São Paulo x Botafogo/ Coritiba/ Sport (Série A), ABC/ ASA/ Guarani/ Vitória (Série B), Brasiliense/ Paysandu (Série C)

Sport
Segunda fase: Sport x Paysandu (Série C)
Oitavas de final: Sport x Coritiba (Série A), ASA (Série B)
Quartas de final: Sport x Botafogo (Série A), ABC/ Guarani/ Vitória (Série B), Brasiliense (Série C)
Semifinal: Sport x Atlético-GO/ Atlético-MG/ Ponte Preta/ São Paulo (Série A), América-MG/ Goiás (Série B) ou Santa Cruz (Série C)

Veja os clubes das Séries A, B e C das duas chaves que se enfrentarão na final da Copa do Brasil:

Chave 1
Bahia/ Cruzeiro/ Grêmio/ Náutico/ Palmeiras/ Portuguesa (Série A)
América-RN/ Atlético-PR/ Ceará/ Criciúma/ Ipatinga/ Paraná (Série B)
Chapecoense/ Cuiabá/ Fortaleza/ Madureira/ Rio Branco-AC (Série C)

Chave 2
Atlético-GO/ Atlético-MG/ Botafogo/ Coritiba/ Ponte Preta/ São Paulo/ Sport (Série A)
ABC/ América-MG/ ASA/ Goiás/ Guarani/ Vitória (Série B)
Brasiliense/ Paysandu/ Santa Cruz (Série C)