Guillermo Cañas conseguiu seus primeiros êxitos esportivos no campeonato Satélite da Argentina, em 1995, e no Challenger de Santiago, em 1996. Em 1997, conseguiu seu melhor resultado na modalidade de torneios Challenger, com 29 vitórias e 15 derrotas, além de levar os campeonatos de Santa Cruz e Santiago.
Na temporada seguinte, seguiu acumulando triunfos e levantou os troféus de Espinho e Florianópolis. Conseguiu estrear na Copa Davis defendendo as cores de sua seleção nacional perante a Colômbia.
2000 foi um ano acidentado, já que Cañas esteve afastado por vários meses da competição devido a uma lesão em sua mão esquerda. No entanto, o jogador argentino pôde recuperar-se bem e chegou pela primeira vez ao Top 20 da ATP, destacando-se por sua grande regularidade ao conseguir chegar a finais em torneios disputados em distintas superfícies de jogo.
Nessa temporada, obteve sua primeira vitória em um campeonato da ATP em Casablanca, ao vencer o espanhol Tommy Robredo, e encerrou a temporada vencendo também em Chennai (Índia). Em duplas, consagrou-se com o torneio de Stuttgart.
Em 2002, o jogo de Cañas continuou a pleno rendimento ao conseguir a vitória no Masters Series de Toronto após eliminar Andy Roddick, e chegou com a Argentina até as semifinais da Copa Davis. No entanto, as coisas voltaram a complicar-se depois que o tenista chegou à posição 11 da ATP, ao voltar a sofrer uma lesão no ano 2003, o que o manteve afastado das quadras de jogo durante oito meses.
Desde então, Cañas luta para voltar à elite do tênis internacional, o que fez com garra ao sobressair-se nos campeonatos de Stuttgart, Xangai e Umag.
Em 8 de agosto de 2005, a Associação de Tenistas Profissionais suspendeu Cañas das competições oficiais por um período de dois anos, após o resultado positivo por consumo do diurético hidroclorotiazida (HCT) em um controle antidoping, em 21 de fevereiro de 2005 no torneio ATP de Acapulco, México.
A sanção não foi mais do que uma confirmação de rumores difundidos algumas semanas antes, e foi a maior dentre os casos com essa característica de primeira detecção. O diurético em si não proporciona nenhuma vantagem extra-esportiva, mas considera-se que essa substância possa ser utilizada para ocultar o consumo de outras.
O tenista, que ao receber a punição ocupava o décimo lugar do ranking mundial, deverá devolver 276.070 dólares de prêmios, mais 525 pontos da modalidade simples e 95 pontos da modalidade de duplas. Seu regresso às competições oficiais foi marcado para 11 de junho de 2007.