A carreira de Juan Ignacio Chela está marcada sem dúvida pelo resultado positivo em exames antidoping por uso de esteróides, em 2000, no torneio de Cincinnati.
A sanção imposta foi um golpe duro para o jogador, que ficou durante três meses afastado das quadras. Mas o argentino teve força suficiente para voltar a equiparar-se à elite do tênis internacional, ao se sobressair em nada menos que seis competições do torneio Challenger e avançar mais de 700 colocações na lista da ATP.
Os primeiros êxitos esportivos de Chela chegaram em 1998, quando chegou à final no torneio Challenger de Lima. No entanto, um ano depois, o jogador portenho redimiu-se e obteve a vitória na capital peruana, além de impor-se também no campeonato de Salinas.
Após a acidentada temporada de 2000, Chela voltou com força em 2001, ganhando vários campeonatos do circuito Challenger e alcançando sua primeira final da ATP, na etapa de Bogotá.
Em 2002, ingressou no top 25 após chegar à final em Sydney e em Long Island (Nova York) e vencer o torneio de Amersfoort (Holanda), após derrotar Albert Costa.
2003 foi um ano discreto para o jogador. O fato mais destacável em seu histórico foi chegar até as quartas-de-final no Masters Series de Madri. No entanto, na temporada seguinte, voltou a reencontrar a vitória e chegou ao terceiro título oficial de sua carreira, após ganhar no torneio de Estoril (Portugal). Além disso, conseguiu seu melhor registro em um Grand Slam após disputar as quartas-de-final de Roland Garros.
Em 2005, Chela foi semifinalista de vários torneios: Los Angeles, Szczecin, Auckland e Adelaide, e finalista em duplas em Estoril, com o espanhol Robredo como parceiro.