Schuettler começou sua carreira esportiva em 1996, quando chegou aos Challengers de Nagoya e Pilzen. Um ano depois, em 1997, subiu 200 posições no ranking da ATP ao chegar às suas primeiras quartas-de-final no torneio de Chennai e, mais tarde, em Washington. Sua primeira vitória no circuito Challenger foi em Eckental, enfrentando Luxa.
Em 1998, ganhou o Challenger de Potorov e chegou às quartas-de-final nos torneios de Split e Newport. Na temporada seguinte, terminou entre os 50 melhores pela primeira vez e ganhou seu primeiro título da ATP em Doha, jogando contra Henman.
Em 2000, Schuettler chegou à terceira etapa de Wimbledon e do Aberto dos Estados Unidos. Seus melhores resultados no saibro foram em Stuttgart. Disputou os Jogos Olímpicos de Sydney, mas chegou somente à segunda etapa, quando perdeu para o brasileiro Guga Kuerten.
Terminou a temporada com as quartas-de-final de São Petersburgo e ganhando a final do Challenger de Aachen. Em 2001, chegou à quarta etapa do Aberto da Austrália. Ganhou o segundo título da ATP de sua carreira em Xangai, enfrentando Kratochvil. Sua primeira final em quadra coberta foi em São Petersburgo, mas perdeu para o russo Safin.
Sua trajetória foi se afirmando ano após ano e, em 2002, chegou às semifinais de Doha e Scottsdale e às quartas-de-final em Copenhague, Memphis, Dubai e Indian Wells. Seu melhor resultado foi alcançar a final de Munique, mas perdeu para El Aynaoui. Moyà e Mantilla eliminaram-no dos torneios de Cincinnati e Indianápolis, respectivamente.
2003 foi para Schuettler um grande ano, no qual ele pôde afirmar uma grande temporada, terminando entre os 10 primeiros do ranking da ATP. Perdeu sua primeira final de Grand Slam; foi no Aberto da Austrália, enfrentando Agassi, depois de ter vencido Nalbandian e Roddick, entre outros. Depois vieram as semifinais de Indian Wells e as quartas-de-final de Munique e Roma.
Em Roland Garros, chegou à quarta etapa, mesmo resultado que conseguiu em Wimbledon. No circuito norte-americano de quadras de cimento, chegou às semifinais em Montreal e em Cincinnati. No Aberto dos Estados Unidos, chegou à quarta etapa, quando perdeu para Schalken. Depois ganhou os títulos de Tóquio, enfrentando Grosjean, e Lyon, jogando contra Clement. Chegou às semifinais do Masters Cup de Houston; Moyà o impediu de ir à final.
Em 2004, teve uma temporada irregular: começou mal, até que em abril chegou à primeira final de um Masters em sua carreira, o de Monte Carlo, mas perdeu para Coria. A esse resultado seguiram as quartas-de-final de Munique e a derrota na primeira etapa de Roland Garros. Em Wimbledon, chegou à terceira etapa, quando perdeu para Rusedski.
Seus últimos resultados da temporada foram as semifinais de Gstaad e Kitzbühel e as quartas-de-final de Viena e Basiléia. No ano seguinte, em 2005, conseguiu chegar a quatro quartas-de-final de torneios ATP. No Aberto da Austrália, não passou da segunda etapa, quando perdeu para Agassi. Em Roland Garros e em Wimbledon não passou da primeira etapa.
Sua trajetória desceu e o fez cair para a posição de número 112. No Aberto dos Estados Unidos, as coisas não foram muito melhores para ele, já que não passou da segunda etapa ao perder para seu conterrâneo Haas. Finalizou a temporada chegando às quartas-de-final em Ho Chi Minh, Estocolmo e no Challenger de Seul. Em duplas, conseguiu o título de Chennai juntamente com Lu, e chegou à final de Gstaad com Kohlmann.