O jogador bósnio obteve seus primeiros êxitos esportivos em 1997, quando chegou à final no torneio Challenger de Zagreb, enquanto que em duplas chegou à vitória nos campeonatos Satélite da Croácia.
Em 1998, estreou defendendo as cores de seu país na Copa Davis e, um ano depois, entrou pela primeira vez para a lista dos 100 primeiros tenistas da Associação de Tenistas Profissionais, após chegar às semifinais no torneio de Umag e às quartas-de-final em Cingapura, enquanto que em duplas venceu no Challenger de Zagreb.
No ano de 2000, o tenista bósnio participou dos Jogos Olímpicos de Sydney, embora tenha perdido na terceira etapa para o brasileiro Gustavo Kuerten, e continuou ganhando posições na lista da ATP até passar a figurar entre os 40 melhores em 2001.
Nessa temporada, Ljubicic conquistou seu primeiro troféu da ATP, ao vencer o torneio de Lyon, derrotando na final o marroquino Younes El Aynaoui.
Em 2002 e 2003, faltou um pouco de sorte ao jogador bósnio, pois perdeu nas últimas etapas em uma boa quantidade de campeonatos, como Roterdã, Dubai, Adelaide, Umag e Tashkent. Em 2004, chegou ao top 25 da ATP graças a sua extraordinária regularidade nas quadras: chegou às semifinais nos ATP Masters Series de Hamburgo e Madri.
Porém nada se compara à temporada de 2005, a melhor de sua trajetória esportiva até o momento, chegando diretamente a figurar entre os dez melhores do mundo, ao conquistar os troféus de Metz e Viena e vencer com sua seleção a Copa Davis, tendo um tremendo destaque tanto na modalidade simples quanto na de duplas.
Além disso, Ljubicic chegou a disputar diversas finais, o que incrementou ainda mais seu histórico. Perdeu para Roger Federer em Doha, Roterdã e Dubai; para Nadal no Masters Series de Madri; para Joachim Johansson em Marselha e, por último, no Masters Series de Paris para Tomas Berdych.
No entanto, seu desafio é os Grand Slams, nos quais o bósnio ainda não conseguiu mostrar todo seu nível e não passou da terceira etapa em nenhum deles.