Em 1996, com apenas dezesseis anos, Dominik Hrbaty chegou a seis finais de Challengers, das quais ganhou as de Pilzen e Maiorca. Nessa mesma temporada, fez sua estréia na Copa Davis, enfrentando a Polônia.
Graças a seus bons resultados, Hrbaty terminou o ano entre os cem primeiros. Foi eleito Novato do Ano. Essa classificação melhorou no ano seguinte, uma vez que ele foi o único jogador menor de dezoito anos, junto com Haas, que se colocou entre os cinqüenta primeiros.
Ganhou o Challenger de Lapentti e perdeu sua primeira semifinal da ATP no torneio de St. Pölten, enfrentando o russo Kafelnikov. Berasategui, o tenista espanhol, foi quem o impediu de chegar à vitória em Palermo. Em duplas, com Kucera, chegou à final de Umag.
Seu primeiro título da ATP veio em 1998, em San Marino, enfrentando Puerta. A esse título seguiu-se a vitória no Challenger de Kosice, vencendo Meligeni. Seus registros nesse ano, no saibro, foram de 27 vitórias e 18 derrotas.
O segundo título da ATP de Hrbaty chegou em 1999, enfrentando Dosel na final de Praga. Essa não foi a única conquista daquela temporada, já que chegou às semifinais de Roland Garros, uma partida que perdeu para o vencedor daquela edição, Agassi.
Na temporada seguinte, coroou-se como o número 1 do tênis eslovaco e, pela primeira vez, encerrou o ano dentro do Top 20. Ganhou 44 partidas nesse ano, chegou a três finais, incluindo a do Masters de Monte Carlo, que perdeu para Pioline.
E abril, voltou a participar da Copa Davis, onde teve uma grande atuação, derrotando os brasileiros Meligeni e Kuerten. Derrotou Sampras, Haas e Kafelnikov no Campeonato do Mundo, deixando claro por que estava entre os vinte melhores do mundo. Sua onda de boa sorte continuou, chegando à quarta etapa do Aberto dos Estados Unidos, perdendo para Krajicek.
Terminou a temporada sendo finalista em São Petersburgo e Brighton, enfrentando Safin e Henman, respectivamente. Também chegou às semifinais em Tóquio e às quartas-de-final em Basiléia.
Em duplas, terminou na posição de número 16 e ganhou o Masters de Roma jogando com Damm, com quem também perdeu a final de Miami.
Seus outros parceiros de duplas foram Prinosil, com quem chegou à final de Hong Kong, e Federer, com quem perdeu a final de Basiléia. Além de uma boa subida no ranking da ATP, o ano de 2000 trouxe a Hrbaty mais de um milhão de dólares em rendimentos.
Hrbaty ganhou em 2001 o terceiro título da ATP de sua carreira. Foi o torneio de Auckland, enfrentando Pato Clavet. A esse triunfo seguiram-se as quartas-de-final do Aberto da Austrália e as semifinais em Dubai.
Nesse ano, ajudou seu país, a Eslováquia, a entrar no grupo mundial da Copa Davis, pois derrotou os chilenos Massú e Ríos nas partidas de simples. Sua temporada em torneios de simples acabou nas semifinais de Moscou. Em duplas, ganhou o segundo título de sua carreira em Tashkent, jogando com Boutter.
Sua carreira retrocedeu um pouco na temporada de 2002, pois acabou fora do Top 50 pela primeira vez desde 1996. Seus melhores resultados foram obtidos nos Grand Slam. Chegou à quarta etapa no Aberto da Austrália e à terceira no dos Estados Unidos.
Também ganhou o Challenger de Biella, enfrentando Acasuso e perdeu o de Zagreb para o peruano Luis Horna. Hrbaty cedeu seu posto de número 1 eslovaco a seu conterrâneo Kucera em 2003. Nessa temporada, perdeu a final de Auckland para Guga Kuerten e as quartas-de-final de Marselha para Bjorkman.
No saibro, os resultados foram similares: chegou às semifinais de Casa Blanca e Umag, onde perdeu para Boutter e Volandri, respectivamente. Na Copa Davis, terminou com a onda de dezenove partidas invictas de Roddick, a quem derrotou nos play offs entre a Eslováquia e os Estados Unidos. Seus registros naquele ano foram de 14-10 no saibro e 9-11 no cimento.
Na temporada de 2004, Hrbaty voltou a voar e terminou como número 14 e com três títulos da ATP no bolso. Começou o ano ganhando os títulos de Auckland, enfrentando Nadal, e Adelaide, jogando contra Llodra. Não teve tanta sorte no Aberto da Austrália, onde foi eliminado na terceira etapa pelo francês Grosjean.
Em quadra coberta, obteve o título de Marselha vencendo Soderling. No saibro, seu êxito mais destacado foi chegar às semifinais de Casablanca.
Foi eliminado na terceira etapa na grama de Wimbledon. Chegou às quartas-de-final de Indianápolis, à segunda etapa de Cincinnati e à segunda etapa dos Jogos Olímpicos, que perdeu para Dent. Jogou melhor no Aberto dos Estados Unidos, pois chegou às quartas-de-final, onde foi derrotado por Henman.
Nos últimos dois meses de temporada, chegou às quartas-de-final de Beijing e às semifinais em Moscou. Seus resultados de vitórias e derrotas em 2004 foram de 30-12 no cimento, 6-6 no saibro, 4-5 na grama sintética e 2-3 na grama.
Depois daquela temporada, e da realizada em 2005, Hrbaty voltou a ser o número 1 eslovaco. Chegou com seu país à final da Copa Davis, enfrentando a Croácia e perdendo por 4-1, mas eliminando pelo caminho grandes equipes, como a Espanha. Hrbaty chegou às semifinais de Los Angeles, Metz e Basiléia, e às quartas-de-final do Aberto da Austrália (perdeu para Marat Safin) e do Masters de Miami, que perdeu para Ferrer.
Não conseguiu chegar a nenhuma final e, portanto, não ganhou nenhum título. Também disputou as quartas-de-final de Roma e Montreal.