No ano 2000, Jan Hernych jogou pela primeira vez um torneio da ATP em Stuttgart, onde perdeu na primeira etapa para Goelner. Nessa mesma temporada, Hernych chegou à final do torneio de promessas de Chequita e às semifinais do Challenger de Praga.
Conseguiu seu primeiro título de Challenger em 2001, em Tulsa, contra Spadea. Chegou a mais duas semifinais nesse circuito, Andrezieux e Praga.
Um ano mais tarde, em 2002, começou a temporada chegando às quartas-de-final do Challenger de Lubeck. Apareceu novamente no torneio de Stuttgart, obtendo o mesmo resultado ao perder na primeira etapa para Popp. Nessa mesma temporada, ganhou seu primeiro título Challenger de duplas em Wolfsburg, junto com Rudman.
Em 2003, Hernych chegou às semifinais dos Challengers de Atlantic City e Fresno, e em duplas ganhou o Challenger de Aptos, junto com Vico.
Sua trajetória melhorou significativamente em 2004, ao subir 150 posições. Em seu primeiro jogo do Masters Series de Indian Wells, perdeu na segunda etapa para Safin. Também jogou seu primeiro Grand Slam, em Wimbledon, e perdeu na primeira etapa para Bracciali.
Seu melhor resultado em quadra de cimento foi no Masters de Toronto, onde chegou às quartas-de-final, perdendo para Roddick. Seu primeiro título Challenger de simples foi conquistado em Praga ao derrotar Minar.
Em 2005, Hernych ficou novamente entre os cem melhores do ranking da ATP. Começou a temporada muito bem, chegando às semifinais de Auckland após derrotar grandes tenistas como Juan Carlos Ferrero.
No Aberto da Austrália, chegou à segunda etapa, sendo derrotado por Stepanek. Nesse mesmo ano, jogou seu primeiro jogo na Copa Davis contra a Argentina, perdendo para Coria.
No Masters de Indian Wells, chegou à terceira etapa. Ganhou o único Challenger que disputou, o de Praga no saibro, vencendo Vanek na final.
Em Roland Garros, chegou à segunda etapa e às semifinais em Hertogenbosch. Hewitt o derrotou em Wimbledon na segunda etapa. Seu melhor resultado no cimento foi chegar à terceira etapa em Washington.