Apesar de sua juventude, Juan Martín del Potro já conquistou importantes êxitos esportivos. Foi o representante argentino no Nike Junior Tour (Mundial Infantil da África do Sul) no final de 2000, sendo derrotado na final.
Em 2004, o jogador tandilense venceu outro importante torneio de jovens promessas no Future F2 de Santiago do Chile ao derrotar na final o brasileiro Thiago Alves com um contundente 6-1, 6-1. Também venceu o tenista paulista no Future F13 do Brasil, além de conquistar outros campeonatos júnior em terras brasileiras.
Em 2005, o argentino continuou com seu meteórico progresso entrando para o top 200 da lista da ATP, sendo seu melhor registro a posição de número 157 em novembro de 2005, depois de começar a temporada na posição de número 1.077.
Nesse ano, Del Potro conquistou a vitória na prestigiosa Copa Petrobrás do Uruguai, um dos principais torneios Challenger do circuito profissional, ao vencer na final o sérvio Boris Pashaski. Desse modo, com apenas 17 anos, Del Potro conquistou a primeira vitória em um torneio do ATP Tour. Repetiu o triunfo em Milão, ao vencer o croata Marin Cilic.
No entanto, o argentino teria ampliado mais seu histórico de vitórias se a sorte o tivesse acompanhando em algumas das finais que disputou, especificamente em Reggio Emilia e Campos do Jordão. Na modalidade de duplas, venceu em Guayaquil.